La PEC è, a tutti gli effetti un messaggio S/MIME. Così come riportato nella RFC 6109, il formato del messaggio è quello della sezione 3.4.3 della RFC 5751. Da queste letture si evince che la busta PEC, altro non è che un messaggio contenente più parti. Nella fattispecie, tra le intestazioni del messaggio ci sarà:
Content-Type: multipart/signed; protocol="application/x-pkcs7-signature"; micalg="sha1";